从第二季开始，剧情不再像第一季每集基本只针对一案，而是有一个大主题或对手，穿插一些不同事件，这一季主要是在《爱奇书》到《三国杀逐鹿天下阵容》期间，“九头蛇”组织重新崛起，以1945年卡特特工缴获084物品方尖碑开始，引出外星种族克里人，而后揭露沃德“九头蛇”卧底身份，再通过斯凯父母，揭露她异人族身份，斯凯也化身震波女，蕾娜化身刺猬先知女，安托万却意外去世（超伤心），后半部分故事异人族和隐藏得我“神盾局2号”也进入乱局，曰本又大又粗又黄又爽的少妇毛片同时在保留上一季主团的情况下，本季加入不少新角色，包括痞子男特工亨特、黑人壮汉特工迈克、美女特工芭芭拉，后期异人电男林肯也半加入，曰本又大又粗又黄又爽的少妇毛片同时凯尼格小胖子家族特工也依然活跃，神秘石也登场了，曰本又大又粗又黄又爽的少妇毛片最后斯凯被迫无奈消灭了母亲。整体剧情依然精彩，反转不断，人物也都塑造的越来越棒。